La recherche révèle que la technologie de génotypage identifie les variantes de Covid plus rapidement et à moindre coût que le séquençage du génome entier, permettant des réponses de santé publique plus rapides et ayant des implications plus larges pour le contrôle futur de la maladie. Crédit : Issues.fr.com
La technologie de génotypage accélère la détection des variantes de Covid, offrant une alternative plus efficace et plus rentable au séquençage du génome entier pour la prise de décision en matière de santé publique.
La technologie de génotypage détecte les variantes de Covid plus rapidement et à moindre coût que jamais – selon une étude de l’Université d’East Anglia et de la UK Health Security Agency.
Une nouvelle étude publiée le 17 janvier révèle que la technique détecte les nouvelles variantes presque une semaine plus rapidement que les méthodes traditionnelles de séquençage du génome entier.
L’équipe de recherche affirme que le génotypage a permis de détecter plus rapidement les informations sur les variantes de Covid et de les communiquer aux professionnels de la protection de la santé de première ligne au plus fort de la pandémie.
Surtout, cela a permis de mettre en œuvre plus rapidement des mesures de contrôle locales telles que la recherche des contacts.
Avantages du génotypage par rapport au séquençage du génome entier
Le chercheur principal, le professeur Iain Lake, de l’École des sciences environnementales de l’UEA, a déclaré : « Lorsque la pandémie de Covid a commencé, la variante avec laquelle les gens étaient infectés a été initialement déterminée à l’aide d’une technique très précise connue sous le nom de séquençage du génome entier.
« Il s’agit de l’outil de diagnostic de référence pour identifier et caractériser génétiquement les variantes. Mais là où de grandes populations doivent être évaluées rapidement, le coût, la capacité et la rapidité limitent son utilité.
« Au début de 2021, une nouvelle technologie permettant de détecter rapidement de nouvelles variantes était testée par le gouvernement dans les laboratoires NHS Test and Trace.
« La technologie – connue sous le nom de « tests de génotype » ou génotypage – permet aux scientifiques d’explorer des variantes génétiques.
Neil Bray, de l’Agence britannique de sécurité sanitaire (UKHSA), a déclaré : « Nous voulions savoir comment cette technologie se compare au séquençage traditionnel du génome entier. »
Résultats de la recherche et implications futures
L’équipe de recherche a étudié les données de plus de 115 000 cas où des informations sur les variantes de Covid étaient disponibles à la fois par génotypage et par séquençage du génome entier.
En comparant le résultat variable du génotypage avec le résultat du séquençage du génome entier, ils ont démontré que les résultats du génotypage étaient très précis.
Le professeur Lake a déclaré : « Nous avons constaté que le génotypage était capable de détecter les variantes connues de Covid plus rapidement et à moindre coût que le séquençage du génome entier.
« Ils ont produit des résultats de variantes six jours plus rapidement que le séquençage du génome entier – avec des résultats en seulement trois jours, contre neuf jours pour le séquençage du génome entier.
« Le génotypage a permis de multiplier par neuf la quantité d’échantillons testés pour les variantes. Cela signifie que des variantes ont été détectées chez beaucoup plus de personnes.
« Les mesures de contrôle locales telles que la recherche des contacts pourraient donc être mises en œuvre plus rapidement.
« Le génotypage peut être appliqué à la recherche de variantes dans un large éventail d’organismes humains et animaux – il présente donc un énorme potentiel pour guider la prise de décision en matière de santé publique et le contrôle des maladies à l’échelle mondiale à l’avenir. »
Le professeur Susan Hopkins, conseillère médicale en chef de l’UKHSA, a déclaré : « L’expertise génomique de pointe sur laquelle l’UKHSA et d’autres institutions du Royaume-Uni ont pu s’appuyer tout au long de la pandémie a été essentielle à la réponse du Royaume-Uni à la crise. COVID 19.
« Des recherches comme celle-ci nous aideront à continuer à renforcer nos capacités dans ce domaine et à garantir que le Royaume-Uni soit aussi bien préparé que possible pour répondre rapidement aux menaces émergentes pour la santé publique à l’avenir. »
Le professeur Dame Anna Dominiczak, scientifique en chef pour la santé en Écosse, qui a auparavant dirigé l’opération du gouvernement britannique visant à agrandir et à gérer les laboratoires phares de Covid, a déclaré : « Des recherches comme celle-ci sont vraiment importantes pour garantir que nous nous appuyons sur les énormes progrès réalisés en matière de tests. pendant Covid pour renforcer nos défenses contre les futures menaces de pandémie.
Le travail a été financé par l’UKHSA et l’unité de recherche sur la protection de la santé de l’Institut national de recherche sur la santé et les soins (NIHR) en matière de préparation et de réponse aux situations d’urgence.
Cette recherche a été menée par l’UEA en collaboration avec la UK Health Security Agency (UKHSA), BioClavis Ltd, Thermo Fisher Scientific (États-Unis), NHS Test and Trace, le ministère de la Santé et des Affaires sociales, le National Institute for Health and Care Research ( NIHR), Alderley Lighthouse Labs Ltd et le Université de Glasgow.
