Un singe préparant un repas avec un écureuil pourrait avoir déclenché une épidémie.
Début 2023, le mpox a éclaté parmi un groupe de quelques dizaines de mangabeys fuligineux (Cercocebus atys) vivant dans le parc national de Taï en Côte d'Ivoire. Environ un tiers des singes ont développé des symptômes tels que des lésions cutanées et quatre nourrissons sont morts. Des enquêtes sur la faune du parc ont révélé que l'épidémie a commencé après qu'un membre du groupe ait mangé un écureuil en corde aux pieds de feu (Funisciurus pyrropus), rapportent les chercheurs le 11 février dans Nature.
Les résultats suggèrent qu'un écureuil corde était à l'origine de l'épidémie et montrent pour la première fois que le virus de la variole du singe passe d'une espèce à l'autre dans la nature. Les retombées virales des animaux vers les humains sont généralement à l’origine des épidémies de mpox chez l’humain.
Identifier quels animaux sont porteurs du virus peut aider à orienter les mesures de prévention qui protègent les gens contre l'infection, explique Clement Meseko, vétérinaire et virologue à l'Institut national de recherche vétérinaire de Vom, au Nigeria, qui n'a pas participé aux travaux. Les autorités pourraient demander aux personnes qui vivent ou travaillent à proximité d'écureuils aux pattes de feu de porter un équipement de protection individuelle lorsqu'elles manipulent des écureuils, par exemple, ou de se laver les mains.
Plusieurs épidémies de mpox sont apparues parmi les primates du parc national de Taï depuis 2012, explique Livia Patrono, vétérinaire et écologiste des maladies à l'Institut Helmholtz pour une seule santé à Greifswald, en Allemagne. En 2012, un mangabey fuligineux infecté a été retrouvé mort. Puis les membres de trois groupes distincts de chimpanzés (Pan troglodytes) sont tombés malades en 2017 et 2018. Mais les primates eux-mêmes n'étaient pas porteurs du virus. Les chercheurs n’ont vu du mpox circuler chez les primates que pendant les épidémies, pas avant ni après.
« Une grande question pour nous a été : « d’où les primates non humains sont-ils infectés ? » », explique Patrono. C'est pourquoi, depuis des années, elle et ses collègues testent les rongeurs du parc.
Les rongeurs africains, notamment les écureuils cordeurs, sont parmi les principaux suspects d'être des hôtes réservoirs du mpox, des espèces dans lesquelles le virus circule en permanence. Le premier virus de la variole du singe isolé de la faune provenait d'un écureuil en corde de Thomas (F. anérythrus), et plusieurs habitats d'écureuils chevauchent des endroits où des épidémies humaines ont commencé. Des spécimens du musée de l’écureuil en corde datant d’aussi loin que 1899 ont été testés positifs pour le virus.
Une surveillance approfondie de la faune, y compris l'analyse d'échantillons fécaux trouvés dans tout le parc et la réalisation d'autopsies d'animaux morts, ont permis à Patrono et à ses collègues d'examiner comment l'épidémie de mpox de 2023 a décollé. L'équipe a testé plus de 700 rongeurs piégés ou morts pour le virus de la variole du singe. Un seul a été testé positif : un écureuil aux pieds de feu retrouvé mort à 3 kilomètres au sud du territoire des mangabeys fuligineux et seulement 12 semaines avant le début de l'épidémie.
Les analyses génétiques du virus de l'écureuil et de la version qui rendait les mangabeys fuligineux malades ont montré que les virus étaient étroitement liés mais pas identiques. Les résultats suggèrent que même si l'écureuil mort n'a pas déclenché d'épidémie, une autre pourrait en avoir déclenché une autre.
Les mangabeys se nourrissent de petits mammifères, et des preuves vidéo de 2014 montraient l'un des mangabeys du parc en train de manger un écureuil en corde aux pieds de feu. Pour savoir si l'écureuil était récemment au menu, l'équipe a testé des échantillons fécaux de mangabey collectés avant l'épidémie pour détecter l'ADN d'écureuil en corde. Deux échantillons ont montré des signes de repas d'écureuil aux pattes de feu. L’un de ces échantillons s’est également révélé positif au virus de la variole du singe et provenait du singe qui aurait été le premier à être infecté.
« C'était un élément de preuve assez instructif, disons, disant que [a fire-footed rope squirrel] « C'était une source très probable d'infection pour les mangabeys », explique Patrono. D'autres rongeurs sont également susceptibles d'être porteurs du virus dans la nature, ce qui signifie que d'autres espèces peuvent également constituer une menace.
