Nous ne disposons désormais que du deuxième génome de haute qualité d'un ancien humain de Denisovan, ce qui révèle qu'il y avait plus de populations de cette espèce que nous le pensions.
Illustration d'une adolescente issue d'une mère néandertalienne et d'un père dénisovien
Pour la deuxième fois seulement, des chercheurs ont obtenu le génome complet d'un Dénisovien, un groupe d'anciens humains qui vivaient en Asie. L’ADN a été extrait d’une seule dent vieille de 200 000 ans trouvée dans une grotte sibérienne.
Le génome révèle qu’il y avait au moins trois populations de Dénisoviens, avec des histoires différentes. Cela montre également que les premiers Dénisoviens se sont croisés avec un groupe non identifié d’anciens humains – et avec une population jusqu’alors inconnue de Néandertaliens.
« C'est un article qui fait l'effet d'une bombe », déclare David Reich de l'Université Harvard.
« Cette étude a vraiment élargi ma compréhension de l'univers des Dénisoviens », explique Samantha Brown du Centre national de recherche sur l'évolution humaine en Espagne.
Les Dénisoviens ont été les premiers humains anciens à être décrits en utilisant uniquement l'ADN. Un fragment d'os de doigt de la grotte de Denisova en Sibérie contenait un ADN différent de celui des humains modernes ou des Néandertaliens de l'ouest de l'Eurasie. Le génome a révélé que les Dénisoviens se sont croisés avec les humains modernes : les habitants d’Asie du Sud-Est, notamment les Philippines et la Papouasie-Nouvelle-Guinée, portent l’ADN des Dénisoviens.
Depuis les premiers rapports en 2010, les chercheurs ont identifié une poignée d’autres Dénisoviens, tous originaires d’Asie de l’Est. En juin, un crâne de Harbin, en Chine, a été identifié comme étant celui d'un Dénisovien à l'aide de preuves moléculaires, révélant pour la première fois à quoi ressemblait un visage Dénisovien. Cependant, même si plusieurs spécimens ont donné des fragments d’ADN, le spécimen original a été le seul à produire un génome de haute qualité.
Les chercheurs dirigés par Stéphane Peyrégne de l’Institut Max Planck d’anthropologie évolutionniste en Allemagne en ont désormais ajouté un deuxième. (Peyrégne a refusé d'être interviewé parce que l'étude n'a pas encore été évaluée par des pairs.)
L’équipe a trouvé une seule dent molaire, appartenant à un Denisovan mâle, dans la grotte de Denisova en 2020 et a séquencé un génome entier à partir de l’ADN préservé.
Sur la base du nombre de mutations dans le génome et de comparaisons avec d’autres humains anciens, l’équipe a estimé que l’individu vivait il y a environ 205 000 ans. Dans cette optique, les sédiments dans lesquels la dent a été trouvée datent d’il y a 170 000 à 200 000 ans. En revanche, l’autre génome de haute qualité provient d’un Dénisovien qui a vécu il y a 55 000 à 75 000 ans, ce qui signifie que le nouveau génome révèle une étape beaucoup plus antérieure de l’histoire de Dénisovien.
Sur la base de comparaisons avec d'autres restes de la grotte de Denisova, l'équipe affirme qu'il semble y avoir eu au moins trois populations distinctes de Denisovan. Le groupe le plus âgé comprenait l'homme dont la dent avait été analysée. Un deuxième groupe a remplacé cette population plus âgée dans la grotte de Denisova, des milliers d'années plus tard.
« Comprendre comment les premiers Dénisoviens ont été remplacés par les Dénisoviens ultérieurs met en évidence un événement humain important », explique Qiaomei Fu de l'Institut de paléontologie et de paléoanthropologie des vertébrés en Chine.
Le troisième groupe, non représenté dans la grotte, s'est croisé avec des humains modernes, sur la base de tests ADN. En d’autres termes, tout l’ADN dénisovien de l’homme moderne provient d’une population de Dénisoviens dont nous savons peu ou rien.
Le nouveau génome révèle que les Dénisoviens se sont croisés à plusieurs reprises avec les Néandertaliens, qui vivaient parfois dans ou à proximité de la grotte de Denisova. Surtout, le génome comprend des traces d'une population néandertalienne qui a vécu 7 000 à 13 000 ans avant le mâle Denisovan. Ces traces ne correspondent à aucun génome néandertalien connu, ce qui suggère que les Dénisoviens se sont croisés avec un groupe néandertalien qui n'a pas encore été séquencé.
Les Dénisoviens semblent également s'être croisés avec un groupe non identifié d'humains anciens, qui avaient évolué indépendamment des Dénisoviens et des humains modernes pendant des centaines de milliers d'années. Une possibilité est Homo érectusqui, d'après les connaissances actuelles, fut le premier hominidé à migrer hors d'Afrique, vivant aussi loin que Java, en Indonésie. Cependant, aucun ADN n'a encore été récupéré H. erectusdonc nous ne pouvons pas en être sûrs.
«C'est sans cesse fascinant que nous continuions à découvrir ces nouvelles populations», déclare Brown.
