Les chercheurs ont utilisé l’analyse de textes sur des documents historiques et sur les réseaux sociaux pour retracer la propagation de Phytophthora infestans, le pathogène végétal à l’origine de la famine irlandaise de la pomme de terre. Cette méthode a permis de mieux comprendre l’histoire de l’agent pathogène et les défis actuels qu’il pose, soulignant ainsi la valeur de l’analyse textuelle dans la compréhension des maladies des plantes. Crédit : Issues.fr.com
L’analyse de texte a révélé de nouvelles informations sur la propagation de Phytophthora infestans, de son impact historique sur la famine irlandaise de la pomme de terre à sa présence moderne. Cette approche offre une nouvelle façon de suivre et de comprendre les agents pathogènes des plantes au fil du temps.
Université d’État de Caroline du Nord les chercheurs ont utilisé l’analyse de textes sur des écrits historiques et modernes pour révéler plus d’informations sur les effets et la propagation du pathogène végétal – maintenant connu sous le nom de Phytophthora infestans – qui a provoqué la famine irlandaise de la pomme de terre dans les années 1840 et qui continue de contrarier les producteurs de pommes de terre et de tomates.
L’étude a examiné des termes clés tels que «pourriture de la pomme de terre» et «maladie de la pomme de terre» après avoir numérisé des rapports agricoles historiques, des reportages et des registres agricoles du Bureau des brevets des États-Unis de 1843 à 1845 pour montrer comment l’agent pathogène s’est d’abord propagé dans le nord-est des États-Unis avant de provoquer des ravages. famine en Irlande en 1845. L’étude a également utilisé l’analyse de texte pour suivre les flux des médias sociaux concernant la propagation actuelle du mildiou.
Aperçus des documents historiques et des médias sociaux
Selon les chercheurs, l’analyse textuelle est prometteuse en tant qu’outil utile pour aider les chercheurs à suivre et à visualiser les maladies des plantes historiques et actuelles.
« Nous sommes revenus aux descriptions originales des épidémies de maladies de la pomme de terre aux États-Unis, car elles se sont produites entre 1843 et 1845, avant que les épidémies ne surviennent en Europe », explique Jean Ristaino, professeur émérite William Neal Reynolds de phytopathologie à l’Université d’État de Caroline du Nord et correspondant. auteur d’un article en Rapports scientifiques qui décrit l’étude. « Nous avons recherché ces descriptions par mots-clés et, ce faisant, nous avons pu recréer les cartes originales des épidémies en utilisant les coordonnées de localisation mentionnées dans les documents.
« Nous essayions également de savoir ce que les gens pensaient de la maladie à l’époque et d’où elle venait. »
Lésion du mildiou sur une feuille de pomme de terre. Crédit : Jean Ristaino, NC State University
L’analyse documente le mildiou de la pomme de terre dans cinq États – New York, Delaware, Massachusetts, New Jersey et Pennsylvanie – avant qu’elle ne se propage au reste du nord-est des États-Unis et au Canada entre 1843 et 1845. L’agent pathogène a ensuite fait des ravages en Europe. – surtout l’Irlande.
Le document a également examiné les tweets de 2012 à 2022 pour en savoir plus sur la propagation moderne de P. infestans. Ils ont extrait les tweets pour trouver les noms communs et scientifiques de l’agent pathogène et ont pu géolocaliser les sources.
« L’exploration des médias sociaux était intéressante car nous avons constaté que la plupart des personnes qui parlent de cette maladie sont des scientifiques des pays développés qui font la promotion de leurs propres travaux sur Twitter (maintenant X) », a déclaré Ristaino. « Il était également intéressant de noter que les États où la maladie est apparue il y a de nombreuses années sont toujours atteints de la maladie aujourd’hui. »
Découvertes et orientations futures
L’étude a également utilisé les termes de recherche Google Ngram pour révéler un résultat surprenant. Les chercheurs ont constaté une augmentation du mildiou signalée dans des documents des années 1950. En fouillant dans la littérature universitaire pertinente citée dans les documents, Ristaino a vu des preuves d’une importante épidémie de mildiou chez les tomates aux États-Unis après la Seconde Guerre mondiale.
« Cela aurait pu être l’émergence d’une nouvelle souche nord-américaine de l’agent pathogène, connue sous le nom d’US 1, qui s’est répandue par la suite », a déclaré Ristaino.
Ristaino a ajouté qu’elle et son équipe prévoient de poursuivre ce type de travail et d’étendre les outils d’analyse à d’autres maladies et ravageurs des plantes.
Les co-auteurs Ariel Saffer, Laura Tateosian et Yi-Peng Yang font partie du Center for Geospatial Analytics de NC State. Amanda C. Saville, chercheuse spécialisée dans le laboratoire de Ristaino, est également co-auteur de l’article. Le financement a été fourni par le Triangle Center for Evolutionary Medicine Seed Grant ; le NIFA du Département de l’Agriculture des États-Unis sous le numéro de subvention 2015-2370 ; et par la subvention PIPP Phase 1 de la National Science Foundation numéro 2022-1191.
