Pirola Panique ? Les cellules T pourraient être notre arme secrète contre la dernière « variante préoccupante » du COVID

Les scientifiques du LJI exploitent la bioinformatique pour prédire comment les cellules T peuvent s’adapter pour combattre la variante Pirola hautement mutée.

En août, les chercheurs ont détecté un nouveau SRAS-CoV-2 « variante préoccupante » chez des patients en Israël et au Danemark. Depuis, cette variante, baptisée BA.2.86 ou « Pirola », a fait le tour du monde. Le variant Pirola a sonné l’alarme car il est fortement muté. En fait, Pirola est aussi muté que la variante Omicron, par rapport à la première variante du SRAS-CoV-2 incluse dans les vaccinations initiales.

Alors que Pirola se propage, des chercheurs de l’Institut d’immunologie de La Jolla (LJI) étudient si COVID 19 les vaccins (ou une exposition antérieure au SRAS-CoV-2) peuvent toujours protéger les personnes contre une maladie grave.

« On craint qu’un virus avec un nombre aussi élevé de mutations « échapperait » à l’immunité des lymphocytes T », explique le professeur Alessandro Sette, Dr.Biol.Sci, du LJI.

Maintenant, une nouvelle étude dans Hôte cellulaire et microbe suggère que les cellules T peuvent voir à travers les mutations de Pirola et trouver leurs cibles. « Notre analyse suggère qu’il y a des nouvelles positives », déclare Alba Grifoni, Ph.D., professeure adjointe de recherche au LJI. « Il semble qu’une exposition antérieure à Omicron – ou une vaccination avec les vaccins bivalents les plus récents – puisse armer une personne avec des lymphocytes T capables de ‘rattraper son retard’ et de générer des réponses spécifiques pour combattre Pirola. »

Exploiter la bioinformatique

Pour la nouvelle étude, Sette et Grifoni se sont tournés vers une ressource appelée Immune Epitope Database (IEDB). Cette base de données contient des découvertes précieuses, recueillies par des immunologistes du monde entier, décrivant comment les cellules immunitaires reconnaissent des fragments, ou « épitopes », sur les microbes.

Grâce à la richesse des données de l’IEDB, les chercheurs disposaient déjà d’une image détaillée de la manière dont les vaccins contre le COVID-19 ou une exposition antérieure au SRAS-CoV-2 « entraînaient » les cellules T à cibler les épitopes du SRAS-COV-2. Les chercheurs ont extrait ces données IEDB et développé un pipeline bioinformatique pour prédire comment ces cellules T réagiraient à la variante Pirola.

« Nous avons simulé la réponse des lymphocytes T au Pirola sur la base de données expérimentales et prédites des variantes précédentes du SRAS-CoV-2 », explique Grifoni.

Les chercheurs ont découvert que la plupart des lymphocytes T pouvaient encore cibler les épitopes de Pirola :

• Dans l’ensemble, 72 pour cent des fragments reconnus par les réponses des lymphocytes T « auxiliaires » CD4+ et 89 pour cent des épitopes des lymphocytes T « tueurs » CD8+ étaient inchangés, ou « conservés », entre les variantes.
• Les chercheurs ont trouvé moins d’épitopes de lymphocytes T conservés sur la protéine « Spike » de Pirola, comme prévu étant donné qu’elle héberge la plupart des mutations. Seulement 56 pour cent des épitopes de cellules T « auxiliaires » CD4+ et des épitopes de cellules T « tueuses » CD8+ ont été conservés sur cette protéine structurelle majeure. Il s’agissait d’un problème potentiel, car les vaccins actuels contre le COVID-19 sont conçus uniquement pour apprendre aux cellules immunitaires à reconnaître et à cibler les épitopes Spike.
• Pourtant, lorsque les chercheurs ont examiné de plus près les fragments Spike, ils ont découvert que 96 pour cent des épitopes de lymphocytes T « auxiliaires » CD4+ et 62 pour cent des épitopes de lymphocytes T « tueurs » CD8+ étaient suffisamment similaires pour que les lymphocytes T puissent probablement encore les reconnaître.

Bref, si Pirola veut échapper aux cellules T, il ne fait pas un très bon travail.

« Un grand nombre d’épitopes reconnus par le système immunitaire sont encore conservés sur la nouvelle variante Pirola », explique Sette. « Nous prévoyons fortement que le virus sera toujours reconnu par les cellules T. »

« Les lymphocytes T pourraient également être capables de « courir » après les peptides nouvellement mutés de Pirola pour développer une nouvelle réponse contre ces épitopes, comme nous l’avons vu pour d’autres variantes », ajoute Grifoni. « Nous pensons que cela peut expliquer pourquoi, malgré l’évolution virale, nous n’avons pas vu de maladie plus grave dans les cas d’infection à Pirola ou d’autres variantes plus récentes. »

Prochaines étapes

Grifoni souligne que ces résultats sont des prédictions et non des observations basées sur des infections réelles à Pirola. Elle pense néanmoins qu’il est important de voir comment ces prédictions « in silico » (dans un ordinateur) se reflètent dans les études récentes du monde réel. « Nous avons encore besoin d’une validation expérimentale, mais nous avons établi plusieurs collaborations dans le monde entier qui étudient cette question au moment où nous parlons », explique Grifoni.

De nombreuses personnes sont encore vulnérables à l’infection par le SRAS-COV-2, même par le variant Pirola, ajoute Sette. « C’est pourquoi les gens devraient continuer à être vaccinés, en particulier avec les vaccins mis à jour. »

Les chercheurs collectent actuellement des données expérimentales pour en savoir plus sur les réponses des lymphocytes T aux variantes et renforcer davantage leurs outils de prédiction. Grifoni est particulièrement curieux de comprendre exactement comment les personnes qui ont reçu des rappels de vaccin bivalent et/ou des infections « révolutionnaires » développent des réponses de lymphocytes T contre de futures variantes.

L’étude, « Il est prévu que les lymphocytes T spécifiques du SRAS-2 préexistants reconnaissent BA.2.86 », incluait l’auteur de l’étude, John Sidney. La recherche a été soutenue par le Instituts nationaux de la santéInstitut national des allergies et des maladies infectieuses de (Contrat n° 75N93021C00016 et Contrat n° 75N93019C00001.)