Megan Murray est dans les limbes. L'épidémiologiste et médecin spécialiste des maladies infectieuses de l'Université Harvard bénéficie de subventions des National Institutes of Health des États-Unis pour financer la recherche en cours sur la tuberculose. Au fil des décennies, ses travaux ont permis de mieux comprendre comment la tuberculose se propage, comment les caractéristiques génétiques et microbiennes interagissent dans la maladie et de meilleurs moyens de diagnostiquer la tuberculose chez les personnes ne présentant pas de symptômes. Le NIH a déclaré à Murray en septembre qu'elle recevrait une nouvelle subvention importante pour étudier les lésions pulmonaires à long terme dues à la tuberculose.
Pourtant, entre avril et octobre, l’agence n’a donné aucun argent à Harvard. Beaucoup de ses collègues et collaborateurs ont vu leurs subventions réduites ou suspendues. « Bizarrement, ma subvention, dit Murray, n'a pas pris fin. » En principe, l'argent a été restitué en octobre, mais la fermeture du gouvernement a empêché elle de le dépenser. Sans l'argent du NIH en main, Murray se trouvait dans un étrange monde souterrain dans lequel elle avait et n'avait pas de financement pour la recherche. Son scénario met en évidence les dommages causés à la recherche biomédicale alors que les laboratoires se retrouvent pris dans des batailles entre l’administration Trump et les institutions universitaires.
Harvard n'est que l'une des universités dont le financement fédéral de la recherche a été menacé en 2025, alors que l'administration Trump menait une campagne visant à remodeler l'enseignement supérieur selon le programme du président. Dans un article publié le 12 octobre sur sa plateforme de médias sociaux Truth Social, Trump a écrit qu’« une grande partie de l’enseignement supérieur s’est égarée et corrompt maintenant notre jeunesse et notre société avec l’idéologie WOKE, SOCIALISTE et ANTI-AMÉRICAINE ».
Murray a été entraîné dans la mêlée lorsque l'administration a gelé 2,2 milliards de dollars de subventions du NIH aux chercheurs de Harvard. L’administration a affirmé que l’université n’avait pas réussi à protéger les étudiants et les professeurs de l’antisémitisme sur le campus. Harvard a intenté une action en justice et un juge fédéral a statué que les actions de l'administration violaient les droits à la liberté d'expression du premier amendement, affirmant que le gouvernement ne pouvait pas appliquer ces gels ou résiliations de financement. Le gouvernement a déclaré qu'il ferait appel de la décision et tenterait d'interdire à Harvard de recevoir des fonds fédéraux à l'avenir.
Certaines universités ont cédé aux demandes de l’administration de maintenir le flux des fonds fédéraux. En juillet, l'Université de Columbia a accepté de verser 221 millions de dollars au gouvernement fédéral pour régler les accusations anti-discrimination similaires à celles portées contre Harvard et rétablir le financement des subventions. L'Université Brown et l'Université de Pennsylvanie ont également conclu des accords avec l'administration, tandis que plusieurs autres universités sont enfermées dans des négociations depuis des mois.
En octobre, l’administration a envoyé un pacte à neuf établissements – ensuite étendu à tous les collèges et universités – leur demandant d’accepter des dispositions telles que la fin des programmes de diversité, d’équité et d’inclusion, le démantèlement des départements que l’administration juge hostiles aux idées conservatrices, la définition des femmes selon certaines caractéristiques biologiques et la limitation du nombre d’étudiants étrangers. En échange, les universités bénéficieraient d’un accès prioritaire aux subventions. Un refus peut entraîner la perte des prestations fédérales.
Le MIT a été le premier à rejeter publiquement la proposition le 10 octobre ; six autres institutions ont suivi l'exemple du MIT avant la date limite du 20 octobre fixée par l'administration. « Fondamentalement, la prémisse du document est incompatible avec notre conviction fondamentale selon laquelle le financement scientifique devrait être basé uniquement sur le mérite scientifique », a écrit la présidente du MIT, Sally Kornbluth, dans une lettre adressée à la secrétaire américaine à l'Éducation, Linda McMahon. D'autres écoles peuvent prendre des décisions différentes. Le 27 octobre, le New College of Florida à Sarasota a annoncé qu'il serait «heureusement le premier collège en Amérique à adopter et à signer officiellement la vision du président Trump pour l'enseignement supérieur».
Le pacte « semble tenter de fédéraliser notre système d’enseignement supérieur et menacer la liberté académique », déclare Sarah Spreitzer, vice-présidente et chef de cabinet chargée des relations gouvernementales à l’American Council on Education. S’il était mis en œuvre, les subventions seraient accordées non pas en fonction du mérite décidé par un examen par les pairs, comme c’est le cas actuellement, mais en « acceptant de changer votre structure de gouvernance, en plafonnant vos inscriptions internationales, en gelant les frais de scolarité… Quel est le lien avec votre capacité scientifique ?
Ces actions sans précédent laissent la porte ouverte aux futures administrations des deux partis pour apposer leur marque politique sur l’enseignement supérieur et la science, dit Spreitzer.
Murray est le principal chercheur bénéficiant de subventions soutenant de grands consortiums de scientifiques qui examinent la génétique et le métabolisme des humains et des bactéries tuberculeuses, retracent les facteurs sociaux et nutritionnels qui contribuent à la propagation de la maladie et mènent des études sur les animaux. Une grande partie de l'argent de la subvention du NIH de Murray soutient la recherche menée au Pérou, où la tuberculose a touché 173 personnes sur 100 000 en 2023. La tuberculose y est beaucoup plus courante qu'aux États-Unis, où seulement environ 3 personnes sur 100 000 ont contracté la maladie en 2023. Cela rend les modèles d'infection et les facteurs de risque plus faciles à étudier au Pérou.
Le projet péruvien est « une étude très importante, influente et de grande valeur depuis plusieurs années maintenant », déclare Richard Chaisson, médecin spécialiste des maladies infectieuses à la faculté de médecine de l’université Johns Hopkins. « Tout ce que nous apprenons là-bas, nous l’utilisons ici. » Par exemple, une vaste épidémie de tuberculose au Kansas qui a débuté en 2024 a infecté 178 personnes, dont 68 cas actifs au 17 octobre. « Tous les outils qu'ils utilisent pour diagnostiquer et traiter ces personnes ont été étudiés à l'étranger », explique Chaisson.
Une partie du travail de Murray effectué au Pérou consistait à recruter environ 18 000 personnes pour une étude et à collecter des échantillons de sang, de salive et de bactéries. Une étude ultérieure a porté sur des échantillons provenant d’environ 2 000 personnes.
Un laboratoire construit à l’intérieur d’un conteneur d’expédition reconverti abrite ces échantillons irremplaçables dans plusieurs congélateurs à Lima. Le laboratoire appartient et est exploité par Socios En Salud, la branche péruvienne de Partners in Health, un prestataire international de soins de santé à but non lucratif affilié à Harvard. Le laboratoire était déjà confronté à la perte de financement de l’Agence américaine pour le développement international, que l’administration Trump avait supprimé plus tôt cette année. Un peu plus de 400 000 $ sont réservés à la subvention supplémentaire du NIH de Murray pour le travail au Pérou. Murray et ses collègues n'ont pas pu le dépenser pendant la fermeture, ce qui a fait craindre qu'ils n'aient pas les ressources nécessaires pour recontacter 1 000 de ces personnes qui avaient déjà été guéries de la bactérie responsable de la tuberculose.
Le plan consiste à effectuer des tests tels que des tomodensitogrammes du thorax et plusieurs autres procédures coûteuses pour déterminer lesquelles de ces personnes souffrent encore de lésions pulmonaires. Ensuite, les chercheurs compareront les données génétiques des personnes et de leurs bactéries, les biomarqueurs présents dans le sang et la salive et d'autres facteurs pour voir si des modèles peuvent prédire qui est susceptible ou non de subir des lésions pulmonaires débilitantes.
« Plus vite nous les retrouverons, plus nous aurons de chances de les retrouver », dit Murray à propos des participants. S’ils ne peuvent pas être trouvés, les échantillons qu’ils ont donnés plus tôt seraient inutiles pour cette étude. « Nous avons des congélateurs remplis d’échantillons incroyablement précieux, et leur fonctionnement coûte de l’argent », dit-elle. Sans la subvention du NIH de Murray, les chercheurs et les travailleurs de la santé qui effectuent le dépistage pourraient être licenciés.
De telles pertes seraient importantes. Personne n'a vraiment étudié les effets à long terme de la tuberculose, explique Maryline Bonnet, épidémiologiste médicale à l'Institut national de recherche pour le développement durable à Montpellier. « C'est extrêmement important, car nous réalisons maintenant que peut-être 50 pour cent des patients guéris de la bactérie vivent avec une maladie pulmonaire existante, ce qui affecte considérablement leur qualité de vie. »
Murray a passé une grande partie de 2025 à se démener pour trouver une solution de secours afin que si elle ne pouvait pas récupérer les fonds du gouvernement fédéral, elle n'endette pas encore plus Harvard. Elle s’est tournée vers des donateurs privés et des organisations non gouvernementales pour obtenir de l’aide. Elle a tenté d'obtenir des fonds philanthropiques « pour s'assurer que les congélateurs ne soient pas débranchés, que les lumières ne soient pas éteintes et que nous ne perdions pas notre personnel incroyablement bien formé ». Mais la plupart des organisations caritatives ne peuvent pas égaler l'investissement du NIH. Et il est de plus en plus difficile d’obtenir des financements pour des travaux réalisés dans d’autres pays.
Les laboratoires tels que celui de Murray pourraient survivre sous une forme considérablement réduite, mais cela pourrait avoir un coût pour l'économie et la santé des États-Unis, explique Stephen Carpenter, médecin spécialiste des maladies infectieuses et chercheur en immunologie à l'université Case Western Reserve de Cleveland. Chaque dollar dépensé par le NIH en recherche a généré 2,56 dollars d'activité économique en 2024, selon le groupe de défense United for Medical Research. Si les réductions du budget des NIH demandées par le président Trump étaient approuvées par le Congrès, 40 % de cette activité économique pourrait disparaître. Des réductions aussi importantes ralentiraient le rythme de développement de nouveaux traitements pour une grande variété de maladies, dont la tuberculose.
De plus, des scientifiques talentueux pourraient être attirés vers la Chine, l'Europe ou ailleurs, dit Carpenter. « Ce serait une perte énorme pour nous en matière d'innovation, pour notre propriété intellectuelle [and] thérapeutique. »
Même si la colère de l'administration Trump a été dirigée contre Harvard, Murray dit que la situation lui semblait un peu personnelle. Elle espère qu’elle sera considérée comme une bonne personne qui se soucie de ses patients. « Mais [the administration] je dirais : « Non ». Vous êtes un professeur d'université élitiste qui fait toutes ces choses que nous n'aimons pas' », dit-elle.
« Nous avons essayé d'être de bons citoyens du monde », a-t-elle ajouté. « C'est bizarre de se faire dire que nous sommes méchants parce que nous faisons ces choses. »
