Les bébés occidentaux sont généralement dépourvus du microbe intestinal que l'on trouve chez les nourrissons d'autres régions du monde, ce qui peut être dû aux différences dans l'alimentation de leurs mères.
Une micrographie électronique à balayage de bactéries bifidobactéries – le principal genre présent dans le gros intestin des nourrissons
Un examen sans précédent de la façon dont le microbiome intestinal varie chez les bébés dans différentes parties du monde révèle que les nourrissons occidentaux sont dépourvus d'un microbe commun ailleurs. Cela pourrait faciliter le développement de probiotiques, qui sont parfois administrés aux bébés prématurés, et adaptés en fonction de l'endroit où vit le nourrisson, afin de maximiser les chances d'établissement de ces bactéries.
Les 1 000 premiers jours de la vie d'un enfant sont très importants pour l'ensemencement de son microbiome, qui influence tout, depuis sa fonction immunitaire et sa santé mentale jusqu'à son risque futur de maladie. Notre compréhension de ce phénomène se limitait presque exclusivement aux nourrissons occidentaux, mais aujourd’hui, un atlas mondial des microbiomes des bébés fournit enfin une image plus large.
Yan Shao du Wellcome Sanger Institute dans le sud du Cambridgeshire, au Royaume-Uni, et ses collègues ont séquencé plus de 1 900 génomes d'une bactérie appelée Bifidobactéries longuesqui a été associée au développement d’un microbiome intestinal stable.
Ceux-ci ont été prélevés à partir d'échantillons de selles collectés au Royaume-Uni, en Suède, aux États-Unis et dans sept pays d'Asie du Sud et d'Afrique subsaharienne : Bangladesh, Pakistan, Kenya, Malawi, Burkina Faso, Ouganda et Zimbabwe.
Ils se sont concentrés sur deux sous-espèces de B. longum: B. longum longum et B. longum infantisqui ont fait l’objet de la plupart des études précédentes sur le microbiome intestinal du nourrisson. En combinant leurs données avec des génomes séquencés lors d'études antérieures, les chercheurs ont découvert qu'environ 70 pour cent des nourrissons des pays d'Afrique et d'Asie du Sud avaient B. longum infantis dans leurs intestins à l'âge de 2 mois, contre moins de 2 % des bébés du Royaume-Uni, des États-Unis et de la Suède. « Infantis fait fondamentalement défaut dans les contextes occidentaux », déclare Shao.
En revanche, B. longum longum s'était établie dans les intestins d'environ un tiers des nourrissons de ces pays occidentaux à l'âge de 2 mois, contre moins de 10 pour cent de ceux des pays d'Afrique et d'Asie du Sud.
Ceci suggère que B. longum longum et B. longum infantis – qui contribuent tous deux à développer le système immunitaire et à prévenir les infections intestinales et sanguines – se trouvent principalement dans des régions distinctes, explique Shao.
C'est probablement parce qu'ils prospèrent avec des régimes alimentaires différents, dit-il. « Bifidobactéries aider à digérer les nutriments du lait maternel, et la composition de ceux-ci varie en fonction du régime alimentaire de la mère, il se pourrait donc que longum (longum) est mieux adapté à un régime alimentaire occidental tandis que infantis « Ils prospèrent grâce aux régimes alimentaires d'autres régions », dit-il. B. longum longum ou B. longum infantis avait probablement d'autres bactéries similaires établies dans leur microbiome intestinal, comme Bifidobactérie courtedit Shao.
Cette étude a augmenté le nombre de B. longum les génomes d’Asie du Sud que les scientifiques ont analysés environ 17 fois, et ceux d’Afrique environ 11 fois. « C'est un énorme pas en avant pour les populations sous-représentées », déclare Lindsay Hall de l'Université de Birmingham, au Royaume-Uni.
Les probiotiques ne sont généralement pas recommandés pour les bébés nés à terme, mais sont parfois administrés aux prématurés. À la suite de cette étude, les probiotiques pourraient être adaptés à la région d’origine du prématuré, explique Hall. Par exemple, B. longum infantis les probiotiques peuvent bénéficier à ceux de certaines régions d’Afrique et d’Asie, mais ils pourraient ne pas persister aussi bien dans les intestins des nourrissons occidentaux. « Ce n'est qu'en comprenant comment les bactéries diffèrent selon les endroits que nous pourrons comprendre quels probiotiques seront les meilleurs pour les enfants dans certaines régions du monde », dit-elle.
