La surveillance génomique a joué un rôle crucial pendant la pandémie de COVID-19 en suivant la propagation et les mutations du virus. Les experts plaident désormais en faveur d’une utilisation élargie de cette technologie pour se préparer aux futures pandémies, soulignant la nécessité d’une collaboration mondiale, de capacités renforcées et d’intégration de données épidémiologiques pour gérer efficacement les épidémies et la résistance aux antimicrobiens. Crédit : Issues.fr.com
Les scientifiques défendent la surveillance génomique mondiale en utilisant les dernières technologies et une approche « One Health » pour se protéger contre de nouveaux agents pathogènes comme la grippe aviaire et la résistance aux antimicrobiens, en détectant les épidémies avant qu'elles ne surviennent.
Le COVID 19 La pandémie a bouleversé le monde. Pour la combattre, l’une de nos armes les plus importantes était la surveillance génomique, basée sur le séquençage complet du génome, qui collecte toutes les données génétiques d’un micro-organisme donné. Cette technologie puissante a suivi la propagation et l'évolution du viruscontribuant à orienter les réponses de santé publique et le développement de vaccins et de traitements.
Mais la surveillance génomique pourrait faire bien plus pour réduire le nombre de maladies et de décès dans le monde que simplement nous protéger contre le COVID-19. Écrire dans le journal Frontières de la scienceun collectif international de microbiologistes cliniques et de santé publique de la Société européenne de microbiologie clinique et de maladies infectieuses (ESCMID) appelle à investir dans la technologie, les capacités, l'expertise et la collaboration pour placer la surveillance génomique des agents pathogènes à l'avant-garde de la future préparation à une pandémie.
« Les maladies infectieuses à tendance épidémique traversent les frontières aussi vite que les personnes et les marchandises commerciales voyagent à travers le monde », a déclaré l'auteur principal, le professeur Marc Struelens de l'Université libre de Bruxelles, en Belgique, et ancien microbiologiste en chef au Centre européen de prévention et de contrôle des maladies ( ECDC). « Une épidémie locale aujourd'hui pourrait devenir demain la prochaine crise pandémique mondiale. »
Une longueur d'avance vitale
La plupart des maladies jamais observées chez les humains sont des zoonoses, c'est-à-dire des maladies trouvées chez les animaux et qui infectent les humains. De nombreuses maladies chez les animaux sont également traitées avec des antibiotiques et d’autres antimicrobiens utilisés chez les humains. Cependant, l’utilisation généralisée d’antimicrobiens chez les humains et les animaux a conduit à l’apparition de résistances, à mesure que les microbes évoluent pour survivre. Nous sommes donc confrontés à deux menaces majeures et superposées pour la santé publique : l’une provenant de nouvelles maladies infectieuses que sont les zoonoses, et l’autre due à la résistance croissante aux antimicrobiens. La lutte contre ces menaces nécessite une approche collaborative One Health, défendue par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), qui reconnaît que la santé humaine dépend de la santé de notre écosystème.
La surveillance génomique peut aider à contrôler les maladies infectieuses et la résistance aux antimicrobiens. Crédit : Struelens et al/Frontiers
La réponse, disent les scientifiques, est de réutiliser la technologie de surveillance génomique accrue et la capacité apportée par le COVID-19 pour agir comme sentinelles. La surveillance génomique, qui rassemble les agences de santé publique, les vétérinaires et les médecins, doit être utilisée pour surveiller les maladies humaines et animales ainsi que la résistance aux antimicrobiens. En intégrant les données épidémiologiques et cliniques de tous ces domaines, nous pouvons obtenir une image complète des agents pathogènes et des risques qu’ils posent.
« La surveillance génomique des agents pathogènes est un outil qui examine l'interaction entre la pression sélective des antimicrobiens sur les populations de microbes et l'évolution adaptative de ces microbes vers la résistance aux médicaments », a déclaré Struelens. « Cela nous permet de détecter l'émergence et de démêler la dynamique de transmission de clones épidémiques super-en forme et multirésistants – les « superbactéries ». La surveillance génomique peut aider à suivre la transmission zoonotique et interhumaine de variantes virales, de souches de bactéries et de signes de résistance aux médicaments.
Détection et réponse rapides
La surveillance génomique en temps réel des agents pathogènes peut nous permettre de détecter rapidement de nouvelles souches de bactéries résistantes et de nouvelles maladies passant de l’homme à l’animal, et de suivre leur propagation et leur évolution.
Ces informations peuvent éclairer les campagnes de vaccination, aider à concevoir des traitements ciblés et orienter les réponses de santé publique, ce qui pourrait contribuer à prévenir la résurgence des épidémies.
La préparation à une pandémie nécessite des systèmes de surveillance One Health interconnectés à l’échelle mondiale. Crédit : Struelens et al/Frontiers
La surveillance de génomes entiers nous permettrait également d’étudier plus en profondeur de nouvelles maladies et l’évolution de maladies connues, d’évaluer leur dangerosité et d’identifier des contre-mesures. Dans un monde globalisé, où les agents pathogènes se déplacent rapidement, la surveillance génomique permettrait de diagnostiquer et de traiter les infections tout aussi rapidement.
Struelens et ses collègues soulignent comment les nouvelles technologies de séquençage, notamment le séquençage génomique à lecture longue, le séquençage ultra-rapide et le séquençage unicellulaire, ainsi que l'intelligence artificielle, contribuent à faire progresser la surveillance dans certaines parties du monde.
« Il existe de nombreux endroits où la surveillance génomique apporte déjà une protection cruciale contre la propagation des maladies », a déclaré Struelens. « Cela inclut les infections d’origine alimentaire en Europe, en Amérique du Nord et en Australie, ainsi que les maladies virales épidémiques comme la grippe aviaire dans de nombreux pays du monde. »
Construire des réseaux de surveillance mondiaux
Selon les scientifiques, pour rendre la surveillance génomique efficace, nous avons besoin de données mondiales, accessibles et en temps réel. Pour y parvenir, nous avons besoin d’investissements massifs dans les capacités et l’expertise qui prennent en compte les différents niveaux d’infrastructures et de formation disponibles dans le monde. Pendant la pandémie de COVID-19, les pays qui avaient déjà accès à une expertise et à des équipements de surveillance génomique ont eu un avantage majeur pour surveiller la pandémie et adapter leur réponse. Les auteurs fournissent un cadre pour la mise en œuvre équitable de systèmes de surveillance interconnectés à l’échelle mondiale qui incluent les pays à revenus faibles et intermédiaires.
« L'article de Struelens et al. est une lecture incontournable pour toute personne intéressée par la surveillance génomique dans le cadre de la préparation aux épidémies », a déclaré le professeur Marion Koopmans du centre médical Erasmus de Rotterdam, aux Pays-Bas, dans un éditorial d'accompagnement. « Les outils et l’ambition sont là : la prochaine étape consiste à construire des infrastructures de surveillance équitables et collaboratives pour la santé mondiale future. Le « Traité sur la pandémie » proposé par l'OMS sera essentiel, définissant certaines des règles d'engagement international pour une meilleure préparation. Des temps intéressants à venir !
Nous devons également investir de toute urgence dans la collaboration, jeter des ponts entre les disciplines de la santé animale, humaine et publique, et assurer la liaison entre les pays et les agences de santé. Cela sera essentiel pour garantir non seulement que les parties prenantes puissent travailler ensemble, mais aussi que nous parvenions à des accords sur la gestion et la réglementation des données, afin que les données des patients soient anonymisées et protégées.
« Pour garantir une participation universelle aux systèmes collaboratifs de surveillance génomique dans le monde, nos défis critiques sont une capacité de laboratoire et de séquençage suffisante, la formation d'une main-d'œuvre experte et l'accès à des outils d'analyse et de partage de données génomiques validés au sein d'un système d'information numérique complet et sécurisé sur la santé. infrastructures », a déclaré Struelens. « L’intégration des informations génomiques sur les pathogènes épidémiques aux informations épidémiologiques doit se faire à grande échelle, du niveau local au niveau mondial. »
