Les scientifiques ont identifié un groupe de bactéries qui apparaissent systématiquement en grand nombre chez les personnes en bonne santé, suggérant qu'elles pourraient un jour être ciblées par l'alimentation ou les probiotiques.
Des bactéries intestinales dont nous ne savons presque rien pourraient être essentielles à une bonne santé
Un mystérieux groupe de bactéries semble prospérer dans le microbiome intestinal des personnes non malades, ce qui laisse entendre qu’elles pourraient être essentielles à une bonne santé.
On estime que plus de 4 600 espèces de bactéries résident dans notre intestin, interagissant entre elles et avec notre corps pour influencer tout, de notre système immunitaire à notre sommeil, en passant par le taux de vieillissement et le risque de problèmes de santé mentale.
Pourtant, environ les deux tiers de ces espèces font partie du « microbiome caché », dont la plupart n’ont pas réussi à se développer en laboratoire ni même à donner un nom. Nous ne savons qu’ils existent qu’après avoir repéré leur génome dans l’intestin. « Une question brûlante demeure : ces espèces sont-elles simplement des spectateurs ou sont-elles pertinentes pour la santé humaine ? » déclare Alexandre Almeida de l'Université de Cambridge.
Pour se faire une idée, Almeida et ses collègues ont recherché les empreintes génétiques de bactéries dans l’ensemble des génomes trouvés dans des échantillons de microbiome intestinal. Celles-ci proviennent d'études impliquant plus de 11 000 personnes provenant de 39 pays, principalement en Europe, en Amérique du Nord et en Asie.
Environ la moitié de ces personnes n'avaient aucun problème de santé connu, tandis que l'autre moitié avait reçu un diagnostic de l'une des 13 maladies, notamment une maladie inflammatoire de l'intestin, l'obésité et le syndrome de fatigue chronique.
Les chercheurs ont associé 715 espèces bactériennes à au moins une de ces conditions, dont 342 espèces étaient trouvées en plus grand nombre lorsque les personnes souffraient d'une maladie et 373 étaient plus nombreuses lorsque les personnes avaient un bon état de santé.
Parmi ces candidats, un genre appelé CAG-170 a émergé avec le lien le plus fort. « De manière constante dans différentes conditions, nous avons constaté que le CAG-170 semble être nettement amélioré en termes de santé par rapport à la maladie », explique Almeida.
Dans une autre partie de l’étude, Almeida et ses collègues ont étudié quelles espèces bactériennes étaient les plus associées à un mélange sain de microbes intestinaux ou à un mélange déséquilibré, connu sous le nom de dysbiose.
« Nous avons constaté que, encore une fois, le CAG-170 semble avoir un effet prononcé », explique Almeida. « Il y avait une corrélation claire selon laquelle, essentiellement, une abondance plus élevée de CAG-170 était associée à une dysbiose plus faible et à un microbiome intestinal plus sain. »
Pour comprendre pourquoi cela pourrait se produire, l’équipe a ensuite étudié les génomes du CAG-170, découvrant des gènes pour les voies métaboliques qui peuvent produire des niveaux élevés de vitamine B12, et pour des enzymes qui décomposent une gamme de glucides et de fibres.
Rien n’indique que les bactéries CAG-170 utilisent elles-mêmes la vitamine B12, mais d’autres espèces habituellement trouvées à leurs côtés ont souvent la capacité de l’utiliser, explique Almeida. « Il semble que le CAG-170 adopte une approche davantage altruiste et fournisse un soutien métabolique au reste du microbiome. »
Il s'agit d'une étape importante vers une meilleure compréhension des caractéristiques de notre microbiome intestinal qui sont associées à la santé ou à la maladie, explique Nicola Segata de l'Université de Trente en Italie, dont les travaux ont récemment révélé à quoi peut ressembler un microbiome intestinal sain, mais n'ont pas spécifiquement décrit les mécanismes par lesquels ces bactéries peuvent apporter ces avantages.
Il n'est pas facile de répondre à la question de savoir si un nombre élevé de CAG-170 est à l'origine d'une bonne santé ou en est une conséquence, explique Almeida. Pour y parvenir, il faudra des études visant à déterminer si l’introduction du CAG-170 réduit le risque de certaines conditions.
« Le microbiome humain et le corps humain sont si étroitement liés qu'ils devraient être considérés comme un système unique et extrêmement complexe », explique Segata. « Plutôt que de discuter du rôle causal du premier par rapport au second, nous devrions étudier comment le système global est lié à des états sains ou malsains et à des régimes alimentaires sains et malsains. »
Segata dit qu'il est important de poursuivre cette recherche avec des essais cliniques nutritionnels pour évaluer quels changements dans le régime alimentaire affectent quelles parties du système microbiome-humain.
Almeida voit le potentiel du CAG-170 de deux manières. La première est que ces bactéries pourraient être utilisées comme indicateur de la santé du microbiome intestinal. La seconde consiste à ouvrir la porte à une nouvelle génération de probiotiques conçus pour soutenir la santé globale.
Le CAG-170 pourrait être un bon candidat pour les probiotiques, explique Segata, mais il est très difficile de cultiver ces bactéries en laboratoire, sans parler de développer des méthodes pour les introduire vivantes dans l'intestin et ensuite les coloniser. « Trouver le meilleur aliment ou le meilleur supplément prébiotique capable d'augmenter les quantités de CAG-170 est probablement quelque chose de plus à portée de main que le développement de ces espèces en tant que produit probiotique », dit-il.
Mais les données génomiques offrent une idée de ce qui pourrait aider, explique Almeida. Les bactéries CAG-170 semblent incapables de produire l’arginine, un acide aminé, donc en fournir davantage pourrait aider à cultiver les bactéries, ou un jour augmenter leur présence dans l’intestin.
